一年中がベストシーズン
石垣島のダイビングは一年中がベストシーズン。灼熱の太陽の下、青い海でのトロピカルダイビングが楽しめる夏はもちろん、春や秋は暑さもさほど厳しくなく快適に。冬場も水温は22℃程度と暖かくて透明度は抜群に高く、黒島マンタやイソマグロの群れなどのダイナミックなダイビングが可能、閑散期のため大きなクルーザーをほぼ貸切状態で贅沢なダイビングが楽しめます。
冬（１-２月）
最も寒い日で最低気温は18℃程度。時折23℃を超える夏日のような日も見受けられます。天気は曇りの日が比較的多く、照りそそぐ太陽の中でのダイビングは期待しにくくなりますが、水中の透明度は非常に高く、また水温も22℃程度までしか下がりませんので、水中は快適です。
北風の日が多く、ダイビングポイントは島影になる石垣島南岸や竹富島、黒島方面が多くなります。人気の川平マンタポイント周辺は北風のため潜れる日が限られますが、南の黒島周辺でマンタの捕食が観察できます。またイソマグロなどの大物が見られ、ウミウシも活発に。コブシメの産卵も見られ始めます。
この時期は閑散期になるため船の上も空いており、チャーターさながらの贅沢なダイビングが楽しめます。
春（３-５月）
石垣島では海開きが３月半ば、春とはいってももう夏はすぐそこです。この時期は日差しも強くなり、日焼けも気になり始めます。暑い日には30℃近い日もありますが、まだ水温はそれほど上がっておらず、船上は暑くても水の中はひんやり、気持ちのいい季節です。
南風の日が増え、川平マンタポイントを含め、石垣島及び周辺離島の幅広いエリアでのダイビングが可能です。
ゴールデンウィークくらいから石垣島は梅雨に入りますが、この時期は海況が穏やかなため、ダイビングには全く問題ありません。
夏（６-９月）
６月の後半には梅雨も明け、本格的な夏が始まります。気温は30-32℃、水温も28℃以上になり、日焼け止めや水分補給が大切です。
梅雨明け直後にはカーチバイ（夏至南風）という湿気を帯びた比較的強い風が吹き、また夏場は台風が気にかかる時期でもあります。
台風は毎年この時期を中心にミクロネシア近辺で多く発生しますが、北上して石垣地方に接近・上陸するのはシーズン2?３回程度で、その都度港が閉鎖になるのも3日前後で、それほど確率が高いわけではありません。
また台風の接近により海況が荒れても、石西環礁には島影が多くあるため、港が閉鎖にならない限り、たいていの場合安全にダイビングを楽しめる場所があるのも石垣島の利点です。
秋（10-12月）
10月になると少しづつ北からの乾いた空気が入り始め、秋らしさが見えてきます。気温も焼けるような暑さが和らぎ、陸の上も船の上も快適です。水の中は暖かさが残り、夏の余韻を味わいながら、最高のダイビングを楽しめます。
近年ではこの時期に数多くのマンタが川平のポイントに集まる傾向があり、一度に１０枚を超えるマンタの乱舞が確認できることもあります。
